Skorstenen er masseovnens motor, da der ikke er indbygget nogen blæser i ovnen. Derfor er det vigtigt, at skorstenen har et godt naturligt træk, hvilket opnås ved en god højde og fri træk omkring skorstenspiben.
Den ideelle skorsten er muret op og er uisoleret, fordi den kan akkumulere restvarmen i røgen.
Ved korrekt fyring er gasserne brændt af inde i ovnen og den rene røg består da kun af CO2 og vandampe. Der sker ingen nærmest ingen tilsodning og der er derfor minimal risiko for skorstensbrand.
Isolerede elementskorstene og stålskorstene kan også bruges.
Lysningen i skorstenen kan være ned til Ø150 mm, hvis skorstenen er min. 7 m høj, men normalt foretrækkes én der er lidt større.
Skorstenen er en vigtig del af ovnprojektet, uanset om den er eksisterende og kan bruges direkte, eller der skal bygges en ny.